Mehdi Karrubi tuyên bố rằng những căng thẳng giữa Montazeri và Khomenei bắt đầu vào khoảng tháng 10 năm 1986 khi Montazeri gửi thư cho người sau, chỉ trích và đặt câu hỏi về nền tảng của nhà nước.[21] Những rắc rối của Montazeri càng trở nên rõ ràng hơn do sự liên kết của ông với Mehdi Hashemi, người điều hành một tổ chức ra khỏi văn phòng của Montazeri, nơi muốn xuất khẩu cuộc cách mạng Hồi giáo. Hashemi được cho là đã khiến Akbar Hashemi Rafsanć bối rối khi rò rỉ thông tin về mối liên hệ của anh ta với vụ Iran-Contra. Sau đó Hashemi đã bị bắt, bị kết án và bị xử tử vào tháng 9 năm 1987 với tội danh hoạt động phản cách mạng.[22]

Vào tháng 11 năm 1987, Montazeri đã tạo ra nhiều tranh cãi khi ông kêu gọi hợp pháp hóa các đảng chính trị, mặc dù ông vẫn theo các quy định nghiêm ngặt.[23] Ông tiếp tục điều này bằng cách kêu gọi "đánh giá mở về những thất bại" của Cách mạng và chấm dứt xuất khẩu cách mạng, nói rằng Iran nên truyền cảm hứng bằng ví dụ, chứ không phải đào tạo và vũ trang các nhóm đồng minh.[22] Khomeini đã trả lời vào tháng Hai tới bằng cách chỉ trích Montazeri và một tháng sau đó đã kêu gọi một cuộc họp của Hội các chuyên gia để "thảo luận về ông".

Mọi thứ trở nên tồi tệ sau vụ hành quyết hàng loạt tù nhân chính trị vào cuối mùa hè và đầu mùa thu 1988. Montazeri đã đưa ra một loạt các bài giảng, trong đó ông chỉ ra sự ủng hộ cho chính sách "cởi mở hơn" [24] và trong một cuộc phỏng vấn được công bố tại Keyhan vào đầu năm 1989, đã chỉ trích Khomeini bằng ngôn ngữ được cho là đã đóng dấu chấm hết "số phận chính trị của ông":

Việc từ chối quyền lợi của mọi người, sự bất công và coi thường các giá trị thực sự của cuộc cách mạng đã giáng những đòn nặng nề nhất vào cuộc cách mạng. Trước khi tái thiết [diễn ra], trước tiên phải có một sự tái thiết chính trị và ý thức hệ... Đây là điều mà mọi người mong đợi ở một nhà lãnh đạo.[24]

Điều tồi tệ hơn đối với ông là việc xuất bản ở nước ngoài và phát trên BBC những lá thư của ông lên án làn sóng hành quyết sau chiến tranh vào tháng 3 năm 1989.[25] Montazeri cũng chỉ trích fatwa của Khomeini ra lệnh ám sát tác giả Salman Rushdie nói rằng: "Mọi người trên thế giới đang có ý tưởng rằng việc của chúng tôi ở Iran chỉ là giết người." [26]

Vào ngày 26 tháng 3 năm 1989, Imam Khomeini đã lên án mạnh mẽ hành động của Montazeri và hai ngày sau đó tuyên bố rằng Montazeri đã từ chức.[27] Montazeri không phản đối sự mất mát của mình, đưa ra một thông điệp kết luận: "Tôi yêu cầu tất cả anh chị em không được nói một lời để hỗ trợ tôi." [28]

Ngoài việc mất vị trí là người thừa kế được chỉ định, danh hiệu Grand Ayatollah của Montazeri đã bị thu hồi, việc xuất bản các bài giảng của ông trên tờ báo Kayhan và các tài liệu tham khảo về ông trên đài phát thanh nhà nước đã bị dừng lại, chân dung của ông được Thủ tướng Mir Hossein Mousavi yêu cầu gỡ khỏi các văn phòng và nhà thờ Hồi giáo,[29] và nhân viên bảo vệ của ông đã bị rút bớt. "Các bài báo và bài xã luận xuất hiện trên nhiều tờ báo khác nhau nhằm mục đích hạ thấp" uy tín cách mạng "hoàn hảo" của Montazeri. " [30]

Theo nhiều nguồn tin, việc sửa đổi hiến pháp của Iran đã loại bỏ yêu cầu Lãnh đạo tối cao là Marja được đặt ra để đối phó với vấn đề thiếu bất kỳ Grand Ayatollah nào còn lại sẵn sàng chấp nhận "velayat-e faqih".[8][31][32] Tuy nhiên, những người khác cho biết lý do marja không được bầu là vì họ không có phiếu trong Hội đồng chuyên gia. Ví dụ, Grand Ayatollah Mohammad Reza Golpaygani có sự ủng hộ của chỉ mười ba thành viên của hội đồng. Hơn nữa, có những marjas khác đã chấp nhận "velayat-e faqih".[33][34]